應用研究是香港都會大學物理治療學系的核心目標之一，課程於教學和臨床實習中納入研究成果，有助學員應用研究技巧、發展批判性思維，並獲得緊貼專業最新趨勢的知識及資訊。

在未來數年，學系研究重點將集中於以生命全期發展角度瞭解肌肉骨骼系統，例如深究肌肉骨骼系統的內在原理和生物力學，為罹患發展性協調障礙或感知肌能障礙的兒童，開發療程或輔助技術；助殘障人士預防受傷，並讓他們參與運動；以及促進老年人在認知功能和身體活動之間的互動等。

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